Dinas Perhubungan dan Lingkungan Hidup diatur dengan Peraturan Daerah Kabupaten Kepulauan Anambas Nomor 7 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Kepulauan Anambas. Berdasarkan Peraturan Bupati Kepulauan Anambas Nomor 52 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Dinas Daerah, Dinas Perhubungan dan Lingkungan Hidup merupakan perangkat daerah unsur pendukung tugas Bupati di bidang Perhubungan dan Lingkungan Hidup, dipimpin oleh seorang Kepala Dinas dan bertanggungjawab kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah. Dinas Perhubungan dan Lingkungan Hidup mempunyai tugas membantu Bupati melaksanakan urusan pemerintahan daerah di Bidang Perhubungan dan Lingkungan Hidup yang menjadi kewenangan daerah dan tugas pembantuan yang diberikan kepada daerah, serta tugas lain yang diberikan oleh Bupati.

Dalam melaksanakan tugas pokok tersebut, Dinas Perhubungan dan Lingkungan Hidup menyelenggarakan fungsi :

1. Perumusan dan pelaksanaan kebijakan teknis di Bidang Perhubungan dan Lingkungan Hidup.
2. Penyelenggaraan urusan perhubungan dan urusan lingkungan hidup serta pelayanan di Bidang Penataan dan Peningkatan Kapasitas Lingkungan, Pengelolaan Sampah, Limbah B3 dan Pengendalian Pencemaran, Perhubungan Darat serta Perhubungan Laut.
3. Koordinasi, pengawasan, pembinaan, evaluasi, pelaporan, dan pelaksanaan tugas Bidang Penataan dan Peningkatan Kapasitas Lingkungan, Pengelolaan Sampah, Limbah B3 dan Pengendalian Pencemaran, Perhubungan Darat serta Perhubungan Laut.
4. Pelaksanaan administrasi dinas sesuai dengan lingkup dan tugasnya.
5. Pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh Bupati sesuai dengan tugas dan fungsinya.