Sekretariat Dinas memiliki tugas melaksanakan pelayanan teknis dan administratif serta koordinasi pelaksanaan tugas di lingkungan Dinas Perhubungan dan Lingkungan Hidup. Dalam melaksanakan tugas tersebut, Sekretariat menyelenggarakan fungsi :

1. Koordinasi penyusunan kebijakan, rencana, program, kegiatan, dan anggaran di Bidang Penataan, Penaatan dan Peningkatan Kapasitas Lingkungan, Pengelolaan Sampah, Limbah B3 dan Pengendalian Pencemaran, Perhubungan Darat serta Perhubungan Laut.
2.  Pengelolaan data dan informasi di Bidang Penataan, Penaatan dan Peningkatan Kapasitas Lingkungan, Pengelolaan Sampah, Limbah B3 dan Pengendalian Pencemaran, Perhubungan Darat serta Perhubungan Laut.
3. Koordinasi dan pelaksanaan kerja sama di Bidang Penataan, Penaatan dan Peningkatan Kapasitas Lingkungan, Pengelolaan Sampah, Limbah B3 dan Pengendalian Pencemaran, Perhubungan Darat serta Perhubungan Laut.
4. Koordinasi pengelolaan dan laporan keuangan di Bidang Penataan, Penaatan dan Peningkatan Kapasitas Lingkungan, Pengelolaan Sampah, Limbah B3 dan Pengendalian Pencemaran, Perhubungan Darat serta Perhubungan Laut.
5. Penyusunan bahan rancangan peraturan perundang-undangan dan fasilitasi bantuan hukum di Bidang Penataan, Penaatan dan Peningkatan Kapasitas Lingkungan, Pengelolaan Sampah, Limbah B3 dan Pengendalian Pencemaran, Perhubungan Darat serta Perhubungan Laut.
6. Pelaksanaan urusan organisasi dan tata laksana di Bidang Penataan, Penaatan dan Peningkatan Kapasitas Lingkungan, Pengelolaan Sampah, Limbah B3 dan Pengendalian Pencemaran, Perhubungan Darat serta Perhubungan Laut.
7. Pengelolaan kepegawaian di Bidang Penataan, Penaatan dan Peningkatan Kapasitas Lingkungan, Pengelolaan Sampah, Limbah B3 dan Pengendalian Pencemaran, Perhubungan Darat serta Perhubungan Laut.
8.  Penyusunan bahan pelaksanaan urusan tugas pembantuan di Bidang Penataan, Penaatan dan Peningkatan Kapasitas Lingkungan, Pengelolaan Sampah, Limbah B3 dan Pengendalian Pencemaran, Perhubungan Darat serta Perhubungan Laut.
9. Koordinasi dan penyusunan bahan publikasi dan hubungan masyarakat di Bidang Penataan, Penaatan dan Peningkatan Kapasitas Lingkungan, Pengelolaan Sampah, Limbah B3 dan Pengendalian Pencemaran, Perhubungan Darat serta Perhubungan Laut.
10. Koordinasi pemantauan dan evaluasi pelaksanaan kebijakan di Bidang Penataan, Penaatan dan Peningkatan Kapasitas Lingkungan, Pengelolaan Sampah, Limbah B3 dan Pengendalian Pencemaran, Perhubungan Darat serta Perhubungan Laut.
11. Pengelolaan barang milik daerah di Bidang Penataan, Penaatan dan Peningkatan Kapasitas Lingkungan, Pengelolaan Sampah, Limbah B3 dan Pengendalian Pencemaran, Perhubungan Darat serta Perhubungan Laut.
12. Pelaksanaan urusan ketatausahaan dan kerumahtanggaan di Bidang Penataan, Penaatan dan Peningkatan Kapasitas Lingkungan, Pengelolaan Sampah, Limbah B3 dan Pengendalian Pencemaran, Perhubungan Darat serta Perhubungan Laut.

Sub Bagian Umum dan Kepegawaian mempunyai tugas melaksanakan urusan ketatausahaan, kerumahtanggaan, organisasi, ketatalaksanaan, penyusunan bahan rancangan peraturan perundang-undangan, fasilitasi bantuan hukum, pengelolaan kepegawaian di Bidang Penataan, Penaatan dan Peningkatan Kapasitas Lingkungan, Pengelolaan Sampah, Limbah B3 dan Pengendalian Pencemaran, Perhubungan Darat serta Perhubungan Laut. Uraian tugas tersebut adalah sebagai berikut :

1. Menyusun rencana kegiatan Sub Bagian Umum dan Kepegawaian.
2. Menyiapkan bahan pelaksanaan kegiatan umum.
3. Melaksanakan koordinasi dan pengelolaan  peraturan perundang- undangan;
4. Mengelola surat-menyurat dan kearsipan.
5. Mengelola urusan rumah tangga.
6. Mengelola sarana dan prasarana perkantoran.
7. Mengelola perpustakaan.
8. Melaksanakan hubungan masyarakat.
9. Mengelola perjalanan dinas.
10. Menganalisa rencana kebutuhan, kualifikasi, dan kompetensi pegawai.
11. Memberikan pelayanan administrasi kepegawaian.
12. Melaksanakan pengembangan pegawai.
13. Menyelenggarakan analisis jabatan.
14. Mengelola tata usaha kepegawaian.
15. Menganalisa beban kerja.
16. Menyiapkan bahan pembinaan dan kesejahteraan pegawai serta pengawasan melekat.
17. Melaksakan pengkajian kompetensi dan kualifikasi jabatan.
18. Menyiapkan bahan evaluasi kinerja pegawai.
19. Menyiapkan bahan pengendalian dan pelaksanaan norma, standar, pedoman, dan petunjuk, dan petunjuk operasional di Bidang Umum dan Kepegawaian.
20. Melaksanakan monitoring, evaluasi, dan pelaoran kegiatan Sub Bagian Umum dan Kepegawaian.
21. Melasanakan tugas lain yang diberikan atasan sesuai dengan lingkup tugas dan fungsinya.

Sub Bagian Program mempunyai tugas melakukan penyusunan rencana program, kegiatan dan anggaran, pemantauan, evaluasi, pengelolaan data, dan penyusunan laporan kinerja program di Bidang Penataan, Penaatan dan Peningkatan Kapasitas Lingkungan, Pengelolaan Sampah, Limbah B3 dan Pengendalian Pencemaran, Perhubungan Darat serta Perhubungan Laut. Uraian tugas tersebut adalah sebagai berikut :

1. Menyusun rencana kegiatan Sub Bagian Program.
2. Menyusun rencana kebijakan umum dinas.
3. Menyiapkan bahan pelaksanaan kegiatan perencanaan dinas.
4. Melakasanakan analisis dan penyajian data di Bidang Lingkungan Hidup dan Perhubungan;
5. Mengelola sistem informasi, pelayanan data, dan informasi pembangunan di Bidang Lingkungan Hidup dan Perhubungan.
6. Menyusun rencana umum, rencana strategis, rencana kerja dan kinerja tahunan dinas, rencana kegiatan dan anggaran kerja.
7. Menyusun rencana kerja sama dinas.
8. Menyusun petunjuk pelaksanaan program dan kegiatan dinas.
9. Melaksanakan pemantauan dan evaluasi dampak pelaksanaan program dan kegiatan dinas.
10. Menyusun ketatalaksanaan program dan kegiatan dinas.
11. Menyiapkan bahan pengendalian kegiatan dinas.
12. Menyusun laporan kemajuan pelaksanaan program dan kegiatan dinas.
13. Menyusun laporan pelaksanaan program dan kegiatan tahunan dinas.
14. Menyusun laporan akuntabilitas kinerja dinas.
15. Menyiapkan bahan pengendalian dan pelaksanaan norma, standar, pedoman, dan petunjuk operasinal di bidang penyusunan program.
16. Melaksanakan monitoring evaluasi, dan pelaporan kegiatan Sub Bagian Program.
17. Melaksanakan tugas lain yang diberikan atasan sesuai dengan lingkup tugas dan fungsinya.

Sub Bagian Keuangan mempunyai tugas melakukan koordinasi penyusunan anggaran pengelolaan data dan informasi serta administrasi keuangan dan barang milik daerah di Bidang Penataan, Penaatan dan Peningkatan Kapasitas Lingkungan, Pengelolaan Sampah, Limbah B3 dan Pengendalian Pencemaran, Perhubungan Darat serta Perhubungan Laut serta melakukan penyusunan laporan dinas. Uraian tugas tersebut adalah sebagai berikut :

1. Menyusun rencanan kegiatan Sub Bagian Keuangan.
2. Menyiapkan bahan pelaksanaan kegiatan administrasi keuangan.
3. Mengelola administrasi keuangan, verifikasi dan perbendaharaan dinas.
4. Menyusun laporan keuangan dinas.
5. Menyiapkan bahan perhitungan anggaran dinas.
6. Menyiapkan bahan pengendalian dan pelaksanaan norma, standar, pedoman, dan petunjuk oerasional di bidang penyusunan program dan adminitrasi keuangan.
7. Menyiapkan monitoring, evaluasi dan pelaporan kegiatan Sub Bagian Program dan Keuangan.
8. Melaksanakan tugas lain yang diberikan atasan sesuai dengan lingkup tugas dan fungsinya.